Up

285-292_ok.pdf

285-292_ok.pdf
File Size:
193.34 kB

Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część pierwsza – eksperyment Two-dimensional gel electrophoresis: from experiment to protein expresion profiles. Part one – experiment.

Autorzy: Agnieszka Suchwałko, Halina Podbielska 

Streszczenie

Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat 70. poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwo- ści separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na ich detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Druga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnieniem zmian w schemacie analizy. Pierwsza część pracy koncentruje się na eksperymencie dwuwymiarowej elektroforezy żelowej. Opisano poszczególne kroki eksperymentu: od przygotowania próbki, przez ładowanie próbek do pierwszego wymiaru, IEF, SDS- -PAGE, barwienie żeli, aż po zapis obrazów żeli. Praca nie porusza szczegółów biochemicznych eksperymentu. Opisane zostały również formaty plików, technika DIGE, wpływ eksperymentu na dalszą analizę, modyfikacje posttranslacyjne oraz pozyskanie próbek protein z żeli do ewentualne identyfikacji za pomocą innych technik proteomicznych.

Słowa kluczowe: elektroforeza żelowa, 2-DE, eksperyment, analiza obrazów, schemat analizy 2-DE

 
 
 
Powered by Phoca Download